Thị trấn Nông trường Lệ Ninh được thành lập vào ngày 6 tháng 8 năm 1966 trên cơ sở khu dân cư tập trung của Nông trường quốc doanh Lệ Ninh (tiền thân của Công ty TNHH một thành viên Lệ Ninh). Nơi đây từng là nơi tập trung quân lương, bộ đội để trực tiếp chuyển vào miền Nam, nơi đóng Binh trạm 16 của Đoàn 559.